Das neue Museumsgebäude (1996) beinhaltet den Eingangs- und Kassenbereich, Sonder- und Dauerausstellungen zum Thema der Pfahlbauten und der Bodenseeregion, den Museumsshop und den Vortragsraum.
Das Museum ist wie die gesamte Außenanlage barrierefrei gestaltet. Schließfächer und Wickelraum sind vorhanden.